人類腸道細菌和它們貢獻的代謝產物

短鏈的脂肪酸:乙酸(acetate)、丙酸(proprinate)、丁酸(butyrate)、isobutyrate、2-methylproprionate、valerate、isovalerate、hexanoate。

相關菌種:  firmicutes菌種所屬的clostridial群聚第十四 a和第四，包括Eubacterium, Roseburia, Faecalibacterium, and Coprococcus。

潛在的生物學上的功能:降低大腸結腸的pH值 ，抑制致病菌的生長，刺激水份和鈉離子的吸收，參與膽固醇的合成，提供大腸結腸上皮細胞的能量來源，參與人類肥胖症、胰島素阻抗和糖尿病以及大腸直腸癌的致病機轉。

膽酸和膽酸的代謝產物和衍生物

Bile acids: cholate, hyocholate, deoxycholate, chenodeoxycholate, α-muricholate, β-muricholate, ω-muricholate, taurocholate, glycocholate, taurochenoxycholate, glycochenodeoxycholate, taurocholate, tauro-α-muricholate, tauro-β-muricholate, lithocholate, ursodeoxycholate, hyodeoxycholate, glycodeoxylcholate, taurohyocholate, taurodeoxylcholate

相關菌種: Lactobacillus, Bifidobacteria, Enterobacter, Bacteroides, Clostridium

潛在的生物學上的功能:幫助食物中脂肪和脂溶性維生素的吸收，幫助便利脂肪脂質的吸收，維持維護腸道屏障的功能，提供調節調控三酸甘油脂、膽固醇的系統性的內分泌功能必需的信息，參與葡萄糖和能量的和諧的動態的穩定的平衡恆定狀態的調控和維持。

Choline 的代謝產物:Choline metabolites: methylamine, dimethylamine, trimethylamine, trimethylamine-N-oxide, dimethylglycine, betaine

相關菌種: Faecalibacterium prausnitzii, Bifidobacterium

潛在的生物學上的功能: 調控脂肪脂質的代謝，和參與葡萄糖和能量的和諧的動態的穩定的平衡恆定狀態的調控和維持。介入誘發非酒精性脂肪肝疾病、介入食物誘發的肥胖症、胰島素阻抗和糖尿病以及心血管疾病的致病機轉。

Phenolic, benzoyl, and phenyl derivatives的代謝產物和衍生物:

Phenolic, benzoyl, and phenyl derivatives: benzoic acid, hippuric acid, 2-hydroxyhippuric acid, 2-hydroxybenzoic acid, 3-hydroxyhippuric acid, 3-hydroxybenzoic acid, 4-hydroxybenzoic acid, 3-hydroxyphenylpropionate, 4-hydroxyphenylpropionate, 3-hydroxycinnamate, 4-methylphenol, tyrosine, phenylalanine, 4-cresol, 4-cresyl sulfate, 4-cresyl glucuronide, 4-hydroxyphenylacetate, 3,4-dihydroxyphenylacetate, phenylacetylglycine, phenylacetylglutamine, phenylacetylglycine, phenylacetate, phenylpropionate, phenylpropionylglycine, cinnamoylglycine

相關菌種: Clostridium difficile, F. prausnitzii, Bifidobacterium, Subdoligranulum, Lactobacillus

潛在的生物學上的功能:有毒的異種物質的解毒作用和去毒作用，人類腸道細菌微生物組成成員和它們的活動活性的指標參數，polyphenols的利用，尿液中的馬尿酸hippuric acid 可能是人類高血壓和肥胖症的生物標誌，尿液中的4-hydroxyphenylacetate, 4-cresol, and phenylacetate在大腸直腸癌的病人會上升增加， 尿液中的 4-cresyl sulfate 在嚴重的自閉症的小孩子會上升增加。

Indole的代謝產物和衍生物:

ndole derivatives: N-acetyltryptophan, indoleacetate, indoleacetylglycine (IAG), indole, indoxyl sulfate, indole-3-propionate, melatonin, melatonin 6-sulfate, serotonin, 5-hydroxyindole

相關菌種: Clostridium sporogenes, E. coli

潛在的生物學上的功能:保護抵抗壓力誘發的胃腸道的病灶，調控炎症前因子和細胞激素介白質等炎症前因素基因的表現，增加抗炎症因子和抗炎症細胞激素介白質等，抗炎症因素基因的表現，參與胃腸道的病理生理學的致病機轉。參與大腦腸道軸線和某些神經疾患的致病機轉。

維生素: 維生素K和維生素B12、維生素B1、維生素B2、維生素B6、葉酸和生活素。Vitamins: vitamin K, vitamin B12, biotin, folate, thiamine, riboflavin, pyridoxine。

相關菌種: Bifidobacterium

潛在的生物學上的功能:提供補充性的內源性的維生素的來源，強化免疫功能，激起激發表觀遺傳學的效應，調節調控細胞的增殖和增生作用。

Polyamines: putrescine, cadaverine, spermidine, spermine

相關菌種: Campylobacter jejuni, Clostridium saccharolyticum

潛在的生物學上的功能:對人類宿主激起激發基因毒性的效應，對人類宿主激起激發抗發炎和抗腫瘤的效應，潛在的腫瘤的生物標誌。

脂肪脂質的代謝產物和衍生物:

Lipids: conjugated fatty acids, LPS, peptidoglycan, acylglycerols, sphingomyelin, cholesterol, phosphatidylcholines, phosphoethanolamines, triglycerides

相關菌種: Bifidobacterium, Roseburia, Lactobacillus, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Clostridium

潛在的生物學上的功能:衝擊人類腸道的通透性，活化激活人類腸道大腦肝臟的神經軸線，來調節調控萄糖和能量的和諧的動態的穩定的平衡恆定狀態。內毒素和 LPS 誘發誘導慢性系統性的低層次的炎症作用反應。 conjugated fatty acids 改善高胰島素血症，幫助加強免疫系統功能、改變脂肪脂質的參數數質，膽固醇是固醇和膽酸產生的基礎。

其他的人類腸道細菌的代謝產物:

Others: D-lactate, formate, methanol, ethanol, succinate, lysine, glucose, urea, α-ketoisovalerate, creatine, creatinine, endocannabinoids, 2-arachidonoylglycerol (2-AG), N-arachidonoylethanolamide, LPS, etc.

相關菌種: Bacteroides, Pseudobutyrivibrio, Ruminococcus, Faecalibacterium, Subdoligranulum, Bifidobacterium, Atopobium, Firmicutes, Lactobacillus

潛在的生物學上的功能:直接或間接的化合物的生成合成與利用，調節調控聯接到內源性的大麻激素系統的作用路徑。