人類腸道微生物體綜觀

高度的生物多樣性和高密度性

微生物的生物多樣性的消失，使人類宿主易受致病菌的感染，並且和許多免疫過敏疾病和新陳代謝異常相關聯。

個人化特性

在種屬和菌種的層次上具有差異性，在演化樹的層次上則顯示有限的差異性。在演化樹的層次上，兩個演化樹的成員佔了百分之九十的遠端腸道結腸的菌種的組成。

母親的傳送和傳遞

出生時微生物和細菌的移生作用，受分娩方式陰道分娩或剖腹生產的影響。

年齡依賴的差異性

在嬰幼兒時期，快速的生物多樣性化受飲食和環境的影響，包括抗生素，在成年人時期，到達具有特異性體質的相對性的穩定。在老年時期的變化，根據生理上的情況、罹病的狀況、飲食和藥物的情況。

沿著腸道長軸的差異性

在口腔之後，腸道微生物的複雜度和數目愈遠端複雜度愈大，愈遠端微生物的數目愈多。

腸道軸線的切面的差異性

嗜氧菌和厭氧菌的比例，在黏膜表面比管腔要大。

彈性度

在抗生素的挑戰之後腸道微生物體傾向會回復到正常狀態，但是某些菌種可能被清除掉，由其是長期重復使用抗生素，長期重復地曝露在抗生素下，使用抗生素對腸道微生物體的效應，在嬰幼兒時期是最大的。

彈性和適應性

在相對穩定的背景下，在新陳代謝的行為上，有持續性的差異性，依據飲食和其他的生活形態的參數和疾病的狀況，腸道微生物體的組成也會有持續性的差異性。

宿主和微生物之間的相互作用

宿主和微生物之間的相互作用是雙相的，微生物和免疫發炎與新陳代謝等作用之間都是互動的相互作用。

空間的隔離和區隔化作用

小腸因為有源自宿主的抗細菌因子，可以限制微生物接近小腸的上皮細胞，在大腸結腸中，大腸結腸黏液的內層的結構是無菌的，假如互利共生的微生物穿透大腸結腸的黏膜，它們會被局限在腸系膜淋巴結的守門員效應中，而不會立即進入系統循環。