人類宿主和微生物體之間新陳代謝的相互作用

腸道微生物體的組成和活動性，從出生到年老一直和人類宿主共同發展，影響腸道微生物體的組成和活動性的最重要的因素，是人類宿主的基因體、營養、和生活型態。腸道微生物體和人類宿主的基因體、營養、和生活型態一直密切地複雜的交相作用互相影響。腸道微生物體介入調控許多人類宿主的新陳代謝的徑路，

引起誘發一序列互動性的人類宿主和腸道微生物體之間，新陳代謝的、細信息信號的以及免疫炎症反應軸線等的緊密的互動關係。這些緊密的互動的新陳代謝的、細信息信號的以及免疫炎症反應軸線，生理的緊密的聯結腸道、肝臟、肌肉和大腦以及免疫和内分泌新陳代謝系統。深入聊解這些緊密的互動的新陳代謝的、細信息信號的以及免疫炎症反應軸線的運轉運作的情況，是操控腸道微生物體來對抗疾病和維護健康，以便採取最適當的最優化的治療策略的先決的必要的條件。

腸道微生物體在生長發展發育和疾病的關係

腸道微生物體，對人類健康的影響從出生到年老一直持續不斷，母親的微生物體，可能影響子宮內的環境和胎兒出生後的健康情況。在出生的時候，大概會有一百種的微生物菌種移居大腸結腸。嬰兒早期的環境因素，例如分娩的方式，營養因素，例如乳房脯乳或奶瓶喂食，以及表觀遺傳學的因素，已經被牽連到健康的腸道和其中的互利共生的微生物的發展發育。在生命的早期，改變腸道微生物的組成，會影響生命後期後續發生疾病的危險。在吸奶喂奶的時期，微生物社群快速地發展，這個時期微生物生物多樣性的轉移變動，會從兒童時期到成年時期以及年老時代，一直發生變化移轉變動，隨著歲月的進展，腸道微生物體中的兩大菌種Bacteroides和Firmicutes會發生變化移轉變動，Bacteroides菌種會愈來愈少，而Firmicutes菌種會愈來愈多。在人類一生當中，腸道微生物體都會在維持正常的生理和能量的產生扮演重要的角色。體溫的調節、生殖、組織的生長成長都是能量依賴的過程，這些能量依賴的過程，可能部份要依靠腸道微生物體能量的產生。外在環境的因素，例如抗生素的使用、飲食、壓力、疾病和損傷等，和人宿主的基因體，會持續地影響腸道微生物體的組成、功能和生物多樣性，而腸道微生物體的組成、功能和生物多樣性，會和人類的健康幸福相關連。破壞腸道微生物體造成腸道微生物體異常(dysbiosis)、俗稱的腸道微生物不爽(dysbiosis) 。

會導致各種不同的疾病，這些腸道微生物體異常(dysbiosis)造成的疾病，包括(A)發炎性腸道疾病、大腸結腸癌症、腸道過激症候群。(B)胃潰瘍、非酒精性脂肪肝臟疾病、肥胖以及代謝症候群。(C)氣喘病、異位性體質、和高血壓。(D)透過荷爾蒙的信息例如GLP-1造成性情和行為的異常和障礙。腸道微生物體也在藥物的代謝和生物轉化作用和抵抗致病菌入侵上扮演重要的角色。